En términos de estructura administrativa, tal como en los otros tres centros integrantes de la Universidad, el CTC está regido por un Decanato, dirigido por el Decano, elegido entre sus colegas y sus Vicedecanos (de Graduación, de Posgrado y de Desarrollo). Los Departamentos constituyen unidades autónomas, dirigidos por directores y coordinadores, también elegidos por mandatos. Sin embargo, las decisiones de carácter académico y administrativo se deciden en el ámbito de diferentes comisiones e instancias.

El Centro Técnico Científico está arquitectónicamente dividido en nueve departamentos: Química, Física, Matemáticas, Informática, Ingeniería Química y de Materiales, Ingeniería Mecánica, Ingeniería Civil y Ambiental, Ingeniería Industrial e Ingeniería Eléctrica (que comprende el Centro de Estudio en Telecomunicaciones – CETUC). Además, sus cursos de graduación y programas de Posgrado tienen carácter interdisciplinario, lo que posibilita una eficiente integración entre las áreas de enseñanza e investigación.